اعمال نظر در امور حوزه علمیه به دو شكل اتفاق می‌افتد؛ به صورت مستقیم و غیرمستقیم. به صورت مستقیم آن است كه برای تاثیرگذاری بر فعالیت‌های علمی، تبلیغی یا سیاسی حوزه، با اهرم‌های اقتصادی یا سیاسی، آن را محدود و كنترل و در جهت دلخواه آن را هدایت می‌كنند.

این نوع دخالت‌ها به دلیل آنكه علنی و آشكار است، به سرعت، با عكس‌العمل حوزویان و به خصوص زعمای حوزه مواجه می‌شود و برای اعمال‌كنندگان این روش، هزینه زیادی دارد. از این رو آنها ترجیح می‌دهند كمتر از این روش استفاده كنند و چنین وانمود می‌كنند كه حوزه برای اقدامات خود، از آزادی و استقلال كامل برخوردار است.

برعكس، اعمال نظر غیرمستقیم، در حالی كه موثرتر است، هزینه كمتری برای آنان دارد. نمونه دخالت غیرمستقیم، تاسیس نهادهای موازی با حوزه است. این نهادها در حالی كه در قلمرو آموزش و پژوهش، به همان فعالیت‌های مرسوم حوزوی می‌پردازند، ولی تحت پوشش حوزه و مرجعیت قرار ندارند. در این نهادها طلبه و روحانی‌ای پرورش داده می‌شود كه بر اساس برنامه آموزشی متفاوت با حوزه تحصیل‌كرده و از بودجه دولتی برای او هزینه شده و در حوزه رشد نكرده است اما در جامعه و حكومت نقش «روحانی و عالم دینی» پیدا می‌كند.

در زمان طاغوت، پس از آنكه رژیم، تلاش خود را برای به‌دست گرفتن امور حوزه و اعمال نفوذ بر آن، ناموفق دید و از اینكه «حوزه» را مانند «الازهر» به یك نهاد دولتی تبدیل كند، مایوس شد، به «بدیل‌سازی و مشابه‌سازی» برای حوزه روی آورد تا با تربیت روحانیونی مطابق با اهداف خود،
به سازماندهی جریانی به موازات جریان «روحانیت اصیل» دست یابد.

براساس این طرح، درصدد تاسیس «موسسه وعظ و تبلیغ» برآمد تا با كمك عناصری از قبیل تقی‌زاده، صدرالاشراف، میرزا خلیل كمره‌ای و راشد، بتواند افرادی را برای به‌دست گرفتن «تبلیغ دینی» تربیت كند و به تدریج زمام امور تبلیغی را از دست حوزویان و مراجع تقلید، خارج كند. این طرح در آن دوره، در چند مرحله، مطرح و هر بار با عكس‌العمل شدید مراجع مواجه شد. امام خمینی(ره) در اردیبهشت سال 1343 در سخنرانی خود نسبت به تاسیس «دانشگاه اسلامی» توسط دولت، اعتراض كرد. اعتراض امام به دولت این بود كه اگر شما دلسوز اسلام هستید، پس چرا با همین حوزه كه در حقیقت دانشگاه اسلامی است، مخالفت می‌كنید و هر روز برای آن ایجاد مزاحمت می‌نمایید؟!

به علاوه این اقدام، دخالت در كار روحانیت و دیانت است و ما هرگز اجازه چنین دخالتی را نخواهیم داد: « می‌خواهند آقایان- خنده دارد واقعا- دانشگاه اسلامی تاسیس كنند، شنیده‌ام چندین میلیون هم بودجه برایش درست كرده‌اند! شما اگر برای اسلام دلسوز هستید، این دانشگاه ما آنجاست چرا خرابش می‌كنید؟... اینها می‌خواهند كه اسلام و مسلمین و علمای اسلام را تحت وزارت فرهنگ قرار بدهند، غلط می‌كند آن وزارت فرهنگی كه دخالت در امر دیانت و اسلام بكند. »

با پیروزی انقلاب اسلامی و در سایه زعامت مرجعیت و به‌ویژه رهبری حضرت امام خمینی، این خیال‌های خام، پایان پذیرفت و نقش منحصر به‌فرد و یگانه حوزه، در تربیت عالمان دینی و اداره تبلیغات مذهبی، مورد اذعان قرار گرفت. در عین حال از همان سال‌های نخست جمهوری اسلامی، عده‌ای از علمای دین و رجال حكومت، بر این عقیده بودند كه در عرصه تبلیغات بین‌المللی و در جهت تامین كادر فرهنگی سفارتخانه‌های جمهوری اسلامی در خارج از كشور، نیاز به نیروهای آگاهی است كه علاوه بر اطلاعات دینی، از دانش‌های دیگری نیز برخوردار باشند و چون در حوزه امكانات لازم برای پرورش چنین نیروهایی وجود ندارد، از این رو باید به تاسیس دانشگاهی به این منظور اقدام كرد. «جامعه الصادق» و برخی دیگر از موسسات آموزشی با اینگونه اهداف تاسیس شدند.

از سوی دیگر در حوزه قم هم، با استناد به همین استدلال، برخی نهادهای آموزشی و پژوهشی كه وابسته به دولت بودند یا حداقل جدای از سیستم حوزوی عمل می‌كردند و تحت اشراف مراجع تقلید قرار نمی‌گرفتند، تاسیس شدند و جدای از نظام حوزه به تربیت طلبه رو آوردند. نتیجه این اعمال نظرات و راه‌اندازی موسسات موازی با حوزه آن است كه اكنون:

1 - روحانیونی وجود دارند كه اساسا در حوزه تربیت نشده‌اند، ولی این نهادهای موازی با آموزش آنها، ایشان را به عنوان «روحانی» تربیت كرده‌اند كه سابقه حوزوی ندارند. 

2 - به دلیل آنكه دولت و نهادهای وابسته به آن، دارای چنین موسساتی هستند، از این رو می‌تواند بی‌نیاز از حوزه عمل كرده و برای بالاترین سطح مدیریت سازمان‌های فرهنگی و تبلیغی، مانند سازمان تبلیغات اسلامی یا سازمان ملی جوانان، از همین تولیدات خود استفاده كند. این موضوع در آینده گسترش بیشتری پیدا می‌كند.

3 - وابستگی مالی و مدیریتی موسسات پژوهشی حوزه به حكومت، عموم پژوهش‌های حوزه را در جهت مطالبات دولت، سوق داده و طبق نیاز و خواست آنها شكل می‌دهد. اینك اغلب موسسات پژوهشی حوزه كه فعالیت‌های گسترده پژوهشی دارند، از بودجه دولتی هزینه می‌كنند كه با این رویه در نهایت، استقلال پژوهش و حریت پژوهشگر، مخدوش می‌شود.

4 - روحانیونی كه در این نهادهای موازی فعالیت علمی یا اجرایی دارند، به‌ناچار مواضع سیاسی خود را با مقامات دولتی، تنظیم می‌كنند. بی‌جهت نیست كه وقتی مراجع معظم تقلید با صراحت در برابر برخی اقدامات دولتمردان موضع‌گیری و انتقاد می‌كنند، این نسل حوزوی- كه اتفاقا به عنوان روشنفكران حوزه هم شناخته شده‌اند- كمترین همراهی را با مراجع دارند و نگاهشان آنچنان به «فیضیه» نیست.